Это время несложное в плане употребления, если только четко усвоить ситуации его применения. В некоторых предложения часто используются такие сигнальные слова, как  just, already, never, yet.
1. Действие завершилось до другого события в прошлом. Предложение может быть сложное (состоять из двух), одно из которых (зависимое) вводится союзами when, before, after, или же простое, в котором используется предлог by, как указатель момента окончания действия.
• С помощью предлогов by the end of the year, by 3 o’clock, by Monday, by the time, before, after.
They had finally got their long-awaited pay rise by the end of the year.
Before he opened the door, he had called his sister.
By that time they had finished their work.
2. Часто используются конструкции no sooner … than (как только, так), hardly …when (едва ли, как), scarcely …when (как только, так сразу же), barely … when (едва только, как), которые по своему значению могут преобразовать предложение (инверсия).
I had scarcely opened the window when the wind came blowing in.
Jack had no sooner arrived than he was told to come back.
3. Если в предложении отсутствует какое-либо сигнальное слово, значит, придется внимательно вчитываться в контекст.
I tried to pnone Ann this morning. But, there was no answer. She had gone out. (Нарушен порядок действий)
4. После конструкций: this/that/it was, the first/second/only/ best/ worst time smth happend:
It was the second serious mistake he had made in that job.
5. С глаголами, которые передают надежду, план, ожидание, намерение (но, не исполненное).
I had intended to visit a museum, but I ran out of time.
6. В косвенной речи, с такими глаголами как say, tell, ask, inform, wonder. Причем Past Perfect используется в придаточном предложении.(согласование времен)
I wondered if Jim had had a chance to discuss the problem with them.
7. Действие, которое началось до другого действия, но еще длится. Здесь часто используются stative verbs или, как их еще называют, non continuous verbs.
I knew he had been married for nearly 50 years ago.